Viborg Kajakklub blev stiftet i efteråret 2004 efter et par indledende møder blandt interesserede. Klubben fik til huse i Viborg Sejlklubs daværende faciliteter ved enden af Nørresø. Faciliteterne på Nørresøbadet var ikke helt tidssvarende for en idrætsforening med en stor børne-/ungdomsafdeling. Klubben fik derfor til foråret 2008 en lejeaftale med Viborg Roklub hvor en stor del af aktiviteterne nu er flyttet hen.